Korrelation zwischen regulatorischen DNA Sequenzen und Genexpressionsdaten anhand der vergleichenden Analyse nicht-kodierender Sequenzen von Mensch und Maus
Ras-Onkogen
getriebene Signalnetzwerke führen in Tumoren zu Veränderungen des
Transkriptoms. Obwohl RAS-abhängige Transkriptionsfaktoren (TF) gut
untersucht sind, ist die bioinformatische Vorhersage von Zielgenen
bislang schwierig. In A1 sollen quantitative Änderungen von
RAS-abhängigen TFs wie z.B. Fra1 experimentell erfasst werden und die
zugehörigen DNA Bindungstellen mittels Chip-Sequenzierung ermittelt
werden. Mit diesen Informationen sollen Algorithmen zur Erkennung von
Bindestellen weiter verbessert und Transkriptionsfaktor-Netzwerke
modelliert werden.
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| Beschreibung der zweiten Periode |